ตามคำสั่ง กองทัพไทย กำหนดให้ "ทร. จัดตั้ง ศูนย์ปฏิบัติการกองทัพเรือ (ศปก.ทร.) โดยมี ผบ.ทร. เป็น ผู้บัญชาการรับผิดชอบ"
๒๓ กันยายน ๒๕๕๙
ความเป็นมาศูนย์ปฏิบัติการกองทัพเรือ ในปี พ.ศ.2513 เกิดกรณีพิพาทเกี่ยวกับชายแดนไทย - กัมพูชาขึ้นบ่อยครั้ง ซึ่งอาจจะเป็นภัยคุกคามต่อประเทศไทยได้ กองบัญชาการทหารสูงสุด (ปัจจุบัน คือ กองบัญชาการกองทัพไทย) จึงมีแนวความคิดว่าในการป้องกันการละเมิดอธิปไตยตามแนวชายแดนด้วยการใช้ กำลังจากหลายหน่วยปฏิบัติงานร่วมกัน จำเป็นต้องมีเอกภาพในการบังคับบัญชา จึงได้มอบความรับผิดชอบการป้องกันชายแดนไทย - กัมพูชา ในเขตจังหวัดจันทบุรี และจังหวัดตราด ให้แก่กองทัพเรือ
๒๒ กันยายน ๒๕๕๙